Để sắp xếp lại nơi làm việc cho các cơ quan, đơn vị sau khi sáp nhập TP.Thủ Đức, lãnh đạo TP bố trí trụ sở UBND Q2 cũ được sử dụng làm trụ sở UBND TP.Thủ Đức; trụ sở UBND Q.Thủ Đức cũ được bố trí cho Ủy ban MTTQ Việt Nam TP.Thủ Đức và các tổ chức chính trị – xã hội hoạt động; trụ sở Quận ủy Q.Thủ Đức cũ được sử dụng làm trụ sở Quận ủy TP.Thủ Đức, trụ sở của nhiều đơn vị khác cũng được sắp xếp sử dụng hết công năng của chúng. Tuy nhiên, bên cạnh việc đưa vào sử dụng các trụ sở có hiệu quả thì trên địa bàn TP.Thủ Đức vẫn còn nhiều trụ sở chậm đưa vào khai thác, bỏ trống trong thời gian dài.
Trụ sở của Ban dân vận, MTTQ và các đoàn thể Q.Thủ Đức cũ tọa lạc tại số 36 Đoàn Kết, P.Bình Thọ cũng trong tình trạng cửa đóng then cài. Do lâu ngày không sử dụng, khuôn viên của trụ sở cỏ dại mọc um tùm, hàng rào sắt bị rỉ sét, tường nhà bị rêu móc bám đen sì, nhiều hạng mục khác có dấu hiệu hư hỏng, trụ sở đang nhanh chống xuống cấp.
Cũng trong thời gian sáp nhập TP.Thủ Đức, trụ sở của UBND Q9 cũ, kết cấu 6 tầng, nằm ở mặt tiền đường song hành Võ Nguyên Giáp cũng bị bỏ trống trong một thời gian dài. Tính đến ngày sáp nhập TP.Thủ Đức, trụ sở này được sử dụng khoảng 18 tháng. Hiện nay, trụ sở này đã được bố trí thành nơi làm việc của Trung tâm Xúc tiến thương mại và đầu tư TP.Thủ Đức.
Một trụ sở khác nằm ở Q2 cũ, đó là công trình Trung tâm Triển lãm quy hoạch TPHCM trong khu đô thị Thủ Thiêm cũng bị “phơi sương” trong thời gian dài. Công trình cao 5 tầng, tọa lạc trên diện tích gần 6.000m2, trong đó đất xây dựng gần 3.000m2. Dự án khởi công từ năm 2014, vốn đầu tư ban đầu 800 tỉ đồng, dự kiến hoàn thành năm 2017 nhưng cũng bị “delay” trong thời gian dài. Sau nhiều năm gián đoạn, đầu tháng 7/2023, trung tâm này đã được tái khởi công trở lại. Hai trụ sở gồm Kho bạc nhà nước Q 9 và văn phòng các đoàn thể thì vẫn tiếp tục “trùm mền”.
Ông Lê Văn Thành, ngụ TP.Thủ Đức tỏ vẻ tiếc nuối: “Trong khi TP thiếu cở sở vật chất, quỹ đất để bố trí cho các cơ quan, đơn vị làm việc, các cháu học sinh thiếu trường lớp thì sau khi thành lập TP.Thủ Đức, nhiều cơ quan, trụ sở làm việc của Nhà nước khá hoành tráng lại bị dôi dư bỏ trống quá lãng phí. Hàng trăm tỉ đồng tiền ngân sách bỏ ra xây dựng các trụ sở hành chính cùng hàng ngàn mét vuông đất công nằm ở vị trí đắc địa cần được sớm đưa vào sử dụng, tránh lãng phí tiền của Nhà nước”.